谁是扣缴义务人公司甲同另一公司乙签订了借款协议，借款2000万元
公司甲同另一公司乙签订了协议，借款2000万元，约定此借款可作为公司甲增加注册资本时的投资，后来公司甲的原有部分股东将其所持股份的一部分转让给了款项的出借人公司乙，几方约定：公司甲的2000万元借款支付公司乙的股权转让款作为向公司乙归还借款，因股权转让的股东都是外地一公司丙的职员，公司丙是公司甲的第一大股东，公司丙的职员由公司丙牵头参与组建公司甲，成为公司甲的股东，所以公司甲就将全部2000万元股权转让款支付给了公司丙，由丙公司在其所在地向当地税务部门代扣代缴股权转让的个人所得税后支付给了股权转让的人，现
《中华人民共和国税收征收管理法》第八条“法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。” 甲公司应为扣缴义务人。因为2000万元款项是甲公司支付的。税法规定，谁支付的款项，谁负有代扣代缴义务。 丙公司应从当地地税机关退回所缴税款，应由甲公司应在当地主管税务机关代扣代缴个人所得税。 税务机关设有12366纳税服务热线，你可以电话咨询，具体情况可以说的详细些。