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目前医学上还没有特效治疗肾囊肿的治疗方法。对于小的肾囊肿的治疗，无症状时普遍认为不需要做任何治疗，但必须要定期复查，观察囊肿是否继续增大，如发现明显的增大，要及早重视肾囊肿的治疗。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至1年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因，所以不在十分必要时，不要进行尿路创伤性检查。
肾囊肿的治疗方法较多，穿刺治疗和保守治疗较多。
肾囊肿穿刺治疗作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经观察也不能延缓肾功能损坏的发生。
手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。如果是双侧多囊肾，则需要移植一个健康肾脏，再切掉两个多囊肾。医学发展至今，这可能是治疗严重多囊肾的最好方法，但也不是很成熟，具有较强的风险性。
保守治疗是早期治疗的最好方法，虽然不一定能完全根除，却需要较长时间，但完全可以控制囊肿的生长，减少肾脏的损害，有效避或延缓免肾功能不全及尿毒症的出现。
一、一般治疗
肾囊肿直径少于4cm，无肾盂肾盏明显受压，无感染、恶变、高血压，或症状不明显者，只需密切随访观察，定期 B超复查。
二、西医治疗
(一)穿刺放液+硬化剂治疗
1．适应证 本方法适用于囊肿直径大于4cm，有症状，经检查排除恶性变感染的患者。
2．常用硬化剂、四环素、磷酸锁、95％的酒精、50％葡萄糖。
3．禁忌证 局部皮肤有感染者，有严重出血倾向的患者。
4．并发症 出血、感染、血气胸、肾撕裂伤，动静脉瘘、损伤性尿囊肿及硬化剂外渗对肾周围组织的刺激和损害。
(二)穿刺放液加抗生素治疗
1．适应证 直径大干4cm时肾囊肿合并囊内感染者。 B超引导下穿刺放液后，根据可能感染的菌株再注入敏感的抗生素。
2．禁忌证和并发症与穿刺加硬化剂相同。
(三)手术治疗
1．适应证(方法有开放手术及腹腔镜)
(1)囊肿合并感染，穿刺放液加抗生素治疗失败。
(2)囊肿恶性变。
(3)穿刺加硬化剂治疗失眠。
(4)巨大肾囊肿。
2．禁忌证 严重心肺肝肾功能障碍不能耐受手术，囊肿恶性变有远处转移者。
3．术式选择
(1)囊肿去顶术，适用于绝大多数肾囊肿患者；
(2)肾切除，适用于囊肿恶性变或囊性肾癌。
4．术后并发症常为感染、出血、尿瘘。腹腔镜术后抗并发症有气检、皮下及纵隔气肿、肠管损伤出血、感染等。
(四)非手术治疗 主要适用囊肿合并感染出血。
西药药物 治疗囊肿感染的药物有青霉素类、头孢类、喹诺酮类抗生素等。慎用肾毒性抗生素。止血药：立止血 1ku，肌注，每日一次，对老年病人安全，不会产生血栓
肾结石(Renalcalculus)多数位于肾盂肾盏内，肾实质结石少见。
一般治疗方法：
1.对症治疗：解痉、止痛、补液、抗炎、中药治疗。
2.排石治疗：结石直径＜1.0厘米，肾功能好，无合并感染，病程短，能活动的患者选用。
3.溶石治疗：服用药物，大量饮水，调节尿液ph值，控制饮食种类等方法。适合于尿酸盐及胱氨酸结石。
4.体外震波碎石术。
5.经皮肾镜取石，碎石术。
6.手术治疗：根据不同病情选用肾盂切开取石术，肾实质切开取石术，肾部份切除术，肾切除术，肾造瘘术和体外肾切开取石术等。
肾结石的家庭治疗措施
结石是由于机体内胶体和晶体代谢平衡失调所致，与感染、营养代谢紊乱、泌尿系统异物、尿郁积以及气候等因素有关。男性比女性容易患此症。年过30岁的人比年轻人更易患此病。儿童发生此病比较罕见。
疼痛可能会持续好几天，在结石排出过程中可造成剧烈的肾绞痛。发生疼痛的部位就是肾结石的位置。结石较少时无明显症状表现，只在x光拍片时才可发现。结石较大时可出现同侧腰痛、肾绞痛、尿内带血等。肾结石偶尔也会卡在输尿管内，阻塞一侧的尿流。肾结石并发症为急性肾盂肾炎，严重者导致慢性肾衰竭。肾结石的复发率比较高，一旦你长过一粒结石，就难免会长第二粒。
改变生活习惯可以预防和减少结石的生长和发病。肾结石有若干种类，一旦你的医师确认你的结石种类，下列方法有助于减少复发的机会。
●多喝水
不论你的结石属于哪一类，最重要的预防之道是提高水分的摄取量。水能稀释尿液，并防止高浓度的盐类及矿物质聚积成结石。合适的饮水量是达到一天排2升的尿液，就算足够。如果你一整天都在烈日下工作，你需要喝2加仑的水。
●补充纤维素
加食米糠，可以防止结石发生。
●控制钙的摄取量
结石中有兜％是由钙或含钙的产品形成的。如果你上一回的结石，主要是钙的成分，则你得注意钙质的摄取。如果你正服用营养补充晶，首先需要请教医师是否必要。其次是检查每天高钙食物的摄取量，包括牛奶、干酪、奶油及其他乳制品。牛奶及抗酸剂可能产生肾结石。
●检查你的胃药
某些常见的制酸剂含高量的钙。假使你患钙结石，同时你也正在服用制酸剂，则应查此药的成分说明，以确定是否含高钙。若含高钙，应改用别的药。
●勿吃富含草酸盐的食物
大约60％的结石属于草酸钙结石。因此，应限量摄取富含草酸的食物，包括豆类、甜菜、芹菜、巧克力、葡萄、青椒、香菜、菠菜、草莓及甘蓝菜科的蔬菜。也避免酒精、咖啡因、茶、巧克力、无花果干、羊肉、核果、青椒、红茶、罂粟子等。
●多活动
不爱活动的人容易使钙质淤积在血液中。运动帮助钙质流向它所属的骨头。勿整天坐等结石的形成，应该到户外走走或作运动。
●热敷
在肾区热敷、拔火罐、电疗，可以止痛。常洗热水澡，也有利于排石。
●吃富含维生素A的食物
维生素A是维持尿道内膜健康所必要的物质，它也有助于阻碍结石复发。健康的成年人，一天需摄取5，O00单位(Iu)的维生素A。一杯胡萝卜便能提供10，055 Iu的维生素A。其他富含维生素A的食物尚有绿花椰菜、杏果、香瓜、南瓜、牛肝。(维生素A在高剂量时有毒。故欲补充维生素A之前，应先经由医师同意。)
●注意蛋白质的摄取
肾结石与蛋白质的摄取量有直接的关联。蛋白质容易使尿液里出现尿酸、钙及磷，导致结石的形成。假使你曾患过钙结石，应特别注意是否摄取过量蛋白质，尤其假使你曾有尿酸过多或胱胺酸结石的病历。每天限吃180克的高蛋白食物，这包括肉类、干酪、鸡肉和鱼肉。
●少吃盐
如果你有钙结石，应该减少盐分的摄取。你应将每日的盐分摄取量减至2—3克。
●补充营养素
①氧化镁或氯化镁
每天500毫克。减少钙的吸收。研究发现每日服用镁，可减少90％的复发率。因为镁和钙——样，皆可与草酸结合。但与草酸钙不同的是，草酸镁较不会形成疼痛的结石。
②维生素B6
10毫克，每天2次。与镁并用时，B6能减少尿液中的草酸盐，这是肾结石中常见的矿物盐。
③蛋白质分解酵素
用量依照产品指示，两餐之间使用。帮助消化正常。
④ 维生素A乳剂或胶囊
25000IU。治疗受结石损坏的尿道衬膜。
●避免L—胱胺酸
如果你有肾结石病历或目前正患肾结石．血避免L-胱胺酸。这种氨基酸的堆积可在肾内结晶，产生大型的结石，堵塞肾脏的内部。
●多吃西瓜
西瓜是天然的利尿剂。要经常吃西皿，且要单独吃，不与其他食物并用。西瓜有清净体内的作用，但勿与其他食物同时食用。
●限制维生素c的用量
如果你容易形成草酸钙结石，应限制维生素c的用量。一天超过3-4公克，可能增加草酸的制造，因而提高结石的几率。勿摄取高效力的维生素c补充物。
●勿服用过多维生素D
过量的维生素D可能导致身体各部堆积钙质。维生素D的每日摄取量最好勿超过RDA所定的400IU。
食疗注意事项
1.摄取大量液体，一天最好能排出约1.14公升的尿液。
2、控制钙的摄取量，避免摄入过多的钙质，但并非禁止。
3、胃药常含有高量的钙，若罹患钙结石，则服用胃药时应选择含钙量较少的品牌。
4.勿吃过多富含草酸盐的食物，包括豆类、甜菜、芹菜、巧克力、葡萄、青椒、香菜、菠菜、草莓及茶。
5.服用镁及维生素B6，可减少90％的复发率。
6.吃富含维生素A的食物，可维持尿道内膜健康，也有助于避免结石复发，这类食物包括：胡萝卜、绿花椰菜、洋香瓜、番瓜、牛肝，但高剂量的维生素A有毒，服用前最好请教医生。
7.保持活力，以免钙质沉积在血液中。
8.减少蛋白质的摄取量，包括肉类、干酪、鱼和鸡。
9.减少盐分的摄取，少吃各种高盐分的食物。
10.限制维生素C的用量，特别是草酸钙的结石患者。
11.勿服用过多维生素D。
12.若曾为患者，之后又感到任何强烈疼痛或尿液带血，请尽速就医。
13.患者应了解本身结石的类型。